WhatsApp je implementirao “End-to-End” šifriranje u svoju aplikaciju za razmjenu poruka i time ostvario obećanje od prije godinu dana. Šifriranje se odnosi na sve tekstualne poruke, priložene datoteke, pozive i grupno dopisivanje. Ova značajka omogućuje sigurnu razmjenu informacija tako da samo pošiljatelj i primatelj mogu dešifrirati poruku. Šifriranje je od sada inicijalna postavka i korisnik ne treba podešavati postavke za uključivanje enkripcije. Uz to, WhatsApp je implementirao i mogućnost provjere ključa korisnika s kojim komuniciramo. Ključ se provjerava skeniranjem QR koda ili uspoređivanjem 60 znamenkastog broja kroz opciju “verify security code”.