MJ Registry Watcher je jednostavan program koji nadgleda i štiti sistemske registre i datoteke. Oni su najčešće meta napada trojanskih konja koji ih pokušavaju izmijeniti kako bi se neometano pokretali prilikom podizanja operacijskog sustava. Moguće je mijenjati postavke, odnosno samostalno izabrati registre koji se nadgledaju. Prilikom detekcije promjene postavki za pokretanje operacijskog sustava oglašava se alarm te vam se nudi mogućnost prevencije promjena koje se žele napraviti.