Rootkit Hunter (rkhunter) je alat namijenjen traženju rootkit, backdoor i ostalih tipova malvera na Unix/Linux baziranim operacijskim sustavima. Alat pretražuje datoteke na pretpostavljenim lokacijama za poznate malvere, kada pronađe potencijalno malicioznu datoteku uspoređuje sažetak datoteke sa bazom podataka na Internetu kako bi ustanovio da li se stvarno radi o malicioznoj datoteci. rkhunter kako bi prepoznao koja je datoteka maliciozna, međuostalom, provjerava prava datoteke, nizove znakova u jezgrenim modulima itd. Projekt je započeo 2006. godine i od tada se redovno održava.
Korištenje alata je vrlo jednostavno i vrši se iz komadno linijskog prozora. Alat može analizirati samo sustav na kojemu je instaliran i potrebno ga je ručno pokrenuti kako bi potvrdio eventualno postojanje prikrivenog malicioznog softvera. Alat je moguće instalirati ručno ili kroz repozitorije paketa na većini linux distribucija. Primjer pokretanja alata: rkhunter –c -sk