Budućnost korištenja WebGL standarda je upitna nakon što je Microsoft, zbog sigurnosnih razloga, povukao podršku za taj standard. Microsoft u svom blogu pod naslovom “WebGL Considered Harmful” navodi kako spomenuti standard programerima neopravdano pruža preveliku razinu pristupa hardveru korisničkih sustava. Previše odgovornosti za sigurnost se prenosi na treće osobe što otvara veliku mogućnost za izvođenje DoS napada. U Microsoftu vjeruju kako će WebGL postati tehnologija s teško popravljivim ranjivostima. Istraživanje je pokrenuto nakon što je tvrtka Context Information Security objavila niz nedostataka WebGL tehnologije koja je već podržana u Web preglednicima kao što su Chrome i Firefox. Neprofitni konzorcij Khronos koji je razvio WebGL standard snažno opovrgava Contextove tvrdnje. Glasnogovornik konzorcija Jonathan Hirshon osvrnuo se na ranjivost koja omogućuje krađu proizvoljnih prozora za koju kaže da je uzrokovana nepravilnom implementacijom standarda u Firefoxu. Za najnovije optužbe tvrdi da su temeljene na zastarjelim implementacijama tehnologije i manjkavim pretpostavkama.
